Η διδασκαλία των μαθημάτων των δύο κατευθύνσεων γίνεται στην ελληνική ή αγγλική γλώσσα και πραγματοποιείται:

α.  Δια ζώσης μαθήματα, διαλέξεις, επιστημονικές ημερίδες και συμπόσια καθώς και συζητήσεις στρογγυλής τραπέζης με τη συμμετοχή και των σπουδαστών, πρακτικές ασκήσεις με μορφή υποθετικών σεναρίων, δικτυακές συνεδριάσεις καθώς και πρακτική άσκηση. Στην αρχή κάθε εξαμήνου δημοσιεύεται το αναλυτικό πρόγραμμα των μαθημάτων που πρόκειται να διδαχθούν. Διατηρείται το δικαίωμα επιμέρους αλλαγών του προγράμματος και των διδασκόντων με υποχρέωση έγκαιρης ενημέρωσης των ΜΦ.
β.  Εξ αποστάσεως σε κατάλληλα διαμορφωμένους δικτυακούς τόπους (e-class) όπου αναπτύσσονται τα ηλεκτρονικά μαθήματα και λειτουργούν οι εικονικές τάξεις, με τη χρήση πιστοποιημένων σύγχρονων Συστημάτων Διαχείρισης Μάθησης (LMS), τα οποία προσφέρουν ποικίλες λειτουργίες και δυνατότητες σε εκπαιδευόμενους και εκπαιδευτές. Η διδασκαλία επικεντρώνεται στο φοιτητή, καθώς του δίνεται η δυνατότητα να παρακολουθεί το μάθημα από παντού και όποτε θέλει και το εκπαιδευτικό υλικό είναι πάντα και από παντού προσβάσιμο, σε αντίθεση με την κλασσική μορφή διδασκαλίας κατά την οποία ο φοιτητής καλείται να προσαρμοστεί σε συγκεκριμένο πρόγραμμα και η φυσική του παρουσία είναι υποχρεωτική.

Οι κύκλοι μαθημάτων θα πραγματοποιηθούν κυρίως με εξ αποστάσεως και δια του διαδικτύου σε πιστοποιημένο σύστημα εκπαίδευσης του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών.

Στην έναρξη του Α΄ εξαμήνου γίνεται μία πρώτη συνάντηση γνωριμίας - ενημέρωσης στη Σχολή Θετικών Επιστημών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Εκπαιδευτικές συναντήσεις θα πραγματοποιούνται μία μη εργάσιμη μέρα κάθε μήνα.

Ειδική μέριμνα θα υπάρχει για όσους Μεταπτυχιακούς Φοιτητές βρίσκονται σε απομακρυσμένα σημεία και δεν έχουν δυνατότητα φυσικής παρουσίας. Στις περιπτώσεις αυτές θα αξιοποιηθούν σύγχρονες τεχνολογίες για την αντικατάσταση της φυσικής παρουσίας

Κάθε χρόνο εκτελούνται μία ή περισσότερες προαιρετικές ασκήσεις σε περιοχές του Ελληνικού χώρου με ιδιαίτερα περιβαλλοντικά, γεωδυναμικά και κοινωνικά χαρακτηριστικά, διάρκειας έως 7 ημερών.

Τέλος, οι ΜΦ μπορούν να λάβουν μέρος εθελοντικά σε ερευνητικές – επιστημονικές αποστολές σε περιοχές εξέλιξης μεγάλων περιβαλλοντικών καταστροφών, φυσικών και τεχνολογικών καταστροφών και κρίσεων συνοδεύοντας οργανωμένες επιστημονικές, ερευνητικές και ανθρωπιστικές επιχειρήσεις του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών.